ಶೇಂಗಾ ಬೆಳೆಯ ಯಾವುದೇ ಹಂತದಲ್ಲಿ ರೋಗ ಉಂಟಾಗಬಹುದು.ನೆಲದ ಸಮಾನಾಂತರದ ಕಾಂಡಕ್ಕೆ ಬಿಳಿ ಬಣ್ಣದ ಶಿಲೀಂಧ್ರದ ಸೋಂಕು ಕಂಡು ಬರುವುದು. ರೋಗ ಪೀಡಿತ ಗಿಡ ಮೊದಲು ಗಿಡ್ಡ ದಾಗಿದ್ದು, ಹಳದಿಬಣ್ಣಕ್ಕೆ ತಿರುಗುತ್ತದೆ. ನಂತರ ಪೂರ್ತಿ ಗಿಡ ಒಣಗಿ ಸಾಯುವುದು. ಅಂತಹ ಗಿಡಗಳನ್ನು ಪರೀಕ್ಷಿಸಿದಾಗ ಬಿಳಿ ಬೂಷ್ಟು ಕಾಂಡದ ಮೇಲೆ ಬೆಳೆದಿದ್ದು ಕಂಡು ಬರುವುದು ಹಾಗೂ ಸಾಸಿವೆ ಕಾಳಿನ ಗಾತ್ರ ಹಾಗೂ ಬಣ್ಣಹೊಂದಿದ ಶಿಲೀಂದ್ರದ ಬೀಜಗಳು ಕಂಡು ಬರುವವು. ರೋಗ ಲಕ್ಷಣಗಳು ಕಾಯಿ ಹಾಗೂ ಕಾಯಿದೇಟಿಗೂ ಹರಡುವುದು. ಗಿಡಗಳನ್ನು ಕೀಳುವ ವೇಳೆ ಕಾಯಿಗಳು ಭೂಮಿಯಲ್ಲಿ ಉಳಿಯುವುವು. 2 ಗ್ರಾಂ ಕ್ಯಾಪ್ಟನ್ 80 ಡಬ್ಲು ಪಿ ಅಥವಾ ಥೈರಾಮ್  75 ಡಬ್ಲು ಪಿ ಅಥವಾ ಟ್ರೈಕೊಡೆರ್ಮ  10 ಗ್ರಾಂ ಬಳಸಿ ಬಿಜೋಪಚಾರ ಮಾಡಬೇಕು ಅಥವಾ ಪ್ರತಿ ಕಿ. ಗ್ರಾಂ ಬೀಜಕ್ಕೆ 3 ಗ್ರಾಂ. ಕಾರ್ಬಾಕ್ಸಿನ್ 75 ಡಬ್ಲೂ.ಪಿ, ಅಥವಾ 3.0 ಗ್ರಾಂ (ಕಾರ್ಬನಡೈಜಿಮ್+ ಮ್ಯಾಂಕೋಜೆಬ್) ಅಥವಾ 1 ಗ್ರಾಂ ಟೆಬ್ಯೂಕೊನಜೋಲ್ 2% ಡಿಎಸ್ ನಿಂದ ಬೀಜೋಪಚಾರ ಮಾಡಿ ಬಿತ್ತಬೇಕು. ರೋಗವು ಹೆಚ್ಚು ಕಂಡುಬಂದ ಹೊಲವನ್ನು ಸಜ್ಜೆ, ಜೋಳ ಅಥವಾ ಮೆಕ್ಕೆಜೋಳದಿಂದ ಪರಿವರ್ತನೆಗೆ ಒಳಪಡಿಸಬೇಕು. ಮಾಗಿ ಉಳುಮೆಯನ್ನು ಹೆಚ್ಚು ಆಳವಾಗಿ ಮಾಡಿ, ಮಣ್ಣಿಗೆ ಹೆಚ್ಚು ಹಸಿರೆಲೆ ಗೊಬ್ಬರ, ಕಾಂಪೋಸ್ಟ್ ಅಥವಾ ಎರೆಹುಳು ಗೊಬ್ಬರ ಹಾಕಬೇಕು. ಎಕರೆಗೆ 200 ಕಿಲೋ ಗ್ರಾಂ ರಷ್ಟು ಶೇಂಗಾ ಅಥವಾ ಬೇವಿನ ಹಿಂಡಿಯನ್ನು ಮಣ್ಣಿನಲ್ಲಿ ಬೇರೆಸುವುದು ಉತ್ತಮ.